Chính vì tổ chức Phật giáo này có mối liên hệ chính trị với nhà nước Việt Nam nên các ý kiến chỉ trích, chống đối thường gọi họ là "Phật giáo quốc doanh".[28][29] Nhưng Ban Tôn giáo chính phủ Việt Nam đánh giá cách gọi "Phật giáo quốc doanh" đó là sự xuyên tạc, "không phù hợp với đạo hạnh của nhà tu hành"[29]. Đài BBC Việt ngữ - một cơ quan truyền thông bị phía Việt Nam chỉ trích là đưa tin xuyên tạc, không đúng sự thật[30] - cho rằng, sự can thiệp của chính quyền trực tiếp vào cách hành đạo đã khiến sinh hoạt của Phật giáo Việt Nam suy đồi. Một số sư sãi được chính quyền đề cử trụ trì đã biến chốn thờ phượng thành nơi giải trí và "buôn thần bán thánh". Tuy nhiên, theo lời của Tiến sỹ Nguyễn Thanh Xuân, Phó ban thường trực Ban Tôn giáo Chính phủ thì chính quyền Việt Nam không hề can thiệp vào nội bộ của bất kỳ tôn giáo nào.[31]

Đài BBC Việt ngữ không đồng tình với việc nhiều chùa tạc tượng chủ tịch Hồ Chí Minh để thờ ngang với chư Phật.[5] Tuy nhiên, Thượng tọa Thích Huệ Đăng thì cho rằng những công lao của chủ tịch Hồ Chí Minh xứng đáng được coi là đại bồ tát: "Người là một vị Đại Bồ Tát tái sinh, đã nhập thế, từ bỏ mọi vinh hoa phú quý, từ bỏ cuộc sống đang yên bình để dấn thân vào con đường mịt mù chông gai, gian khổ, từ đó tìm ra con đường giành độc lập cho dân tộc. Điều này giống Phật Thích Ca Mâu Ni từ bỏ cung vàng điện ngọc, ngai vàng, vợ đẹp con ngoan, đi tu hành tìm ra chân lý cứu độ chúng sinh."[32]

Theo báo BBC Việt ngữ, nhiều cán bộ cao cấp trong chính quyền bỏ tiền xây chùa với hy vọng được về cõi niết bàn sau khi chết.[5] Tuy nhiên, việc xây chùa cũng để hoằng dương Phật pháp và trong lịch sử, đóng góp tiền của, đất đai để xây chùa không chỉ là truyền thống của riêng tầng lớp vua chúa, quan lại mà còn của nhiều tầng lớp nhân dân. Việc xây chùa, đúc chuông cũng để tạo duyên lành cho kiếp sau, từng bước được giải thoát để tới cõi niết bàn[33]. Việc xây chùa cùng là để tạo ra một nơi thuận tiện cho một đấng chân tu hoằng dương Phật pháp, giúp nhân loại và chúng sinh thoát khổ.[34]

Trước những lời chỉ trích, giáo hội Phật giáo Việt Nam thường yên lặng, không phản bác.[35][36][37][38]

Vụ tuyển sinh thạc sĩ Phật học với môn Mác-Lênin

Có những tranh cãi về việc có cần thiết đưa môn học của chủ nghĩa xã hội vào chương trình thi cử của một cơ sở đào tạo tôn giáo, sau khi website của Học viện Phật giáo Việt Nam tại TP. Hồ Chí Minh ngày 19/12/2016 đăng thông báo về việc tuyển sinh thạc sĩ Phật học khóa 2 dự kiến tổ chức vào tháng 3/2017: "Ba môn thi gồm: Phật học, Triết học Phật giáo và Mác-Lênin, Ngoại ngữ (Anh văn hoặc Hoa văn) trình độ B,"

Hòa thượng Thích Không Tánh, Tổng vụ trưởng Tổng vụ Từ thiện Xã hội của Giáo hội Phật giáo Việt Nam Thống nhất (GHPGVNTN), cựu trụ trì chùa Liên Trì và là một người bất đồng chính kiến, nói: "Học viện Phật giáo Việt Nam là một tổ chức tôn giáo trực thuộc nhà nước thì đương nhiên họ phải giảng dạy và thi tuyển môn Mác-Lênin rồi.", "Đây là động thái cho thấy chính quyền muốn nô lệ hóa người của Phật giáo và đào tạo các học viên tốt nghiệp Học viện Phật giáo trở thành cán bộ tuyên truyền tôn giáo nhằm đưa môn Mác-Lênin đến rộng rãi cộng đồng Phật tử."[39]

Đại đức Thích Quang Thạnh, Tổng thư ký Hội đồng Điều hành Học viện và cũng là người ký thông báo, nói: "Việc đưa môn Mác-Lênin vào kỳ thi của Học viện Phật giáo là tư duy tập thể." Theo Giáo sư Phạm Tất Dong viết trong bài báo: "Phật giáo Và Sự nghiệp Giáo dục Và Đào Tạo" những tư tưởng từ bi, bác ái, những quan điểm về dân tộc, về hòa bình, bình đẳng, v.v... của đạo Phật có nhiều điểm tương đồng, hòa với tư tưởng, đạo đức Hồ Chí Minh, với quan điểm và đường lối của Đảng và của học thuyết Mác - Lênin. Đạo Phật và cách mạng Xã hội chủ nghĩa có cùng chung quan điểm trong việc giải thoát con người khỏi khổ đau.[40]